Dois dias após confirmar o fim da produção do S2000 a Honda apresenta a versão especial de despedida, chamada Ultimate Edition. Os diferenciais da versão são basicamente estéticos. A pintura é na cor branco Grand Prix, utilizada no primeiro carro de corrida da montadora em 1964 e desde então empregada em versões esportivas. Ainda no exterior as rodas de alumínio são pintadas na cor grafite.

No interior os bancos esportivos têm couro na cor vermelha, cor que é utilizada também na costura da manopla de câmbio. Com a intenção de dar um toque de exclusividade à série o roadster tem uma placa com o número de produção na soleira da porta. Desde 1999 até o final de 2008 110.673 unidades foram vendidas. O motor é o mesmo do restante da gama, um 2.0 VTEC de 240 cv e torque de 21,10 kgfm.